单细胞

【TOP生物信息】使用R包Symphony自动注释细胞类型

扫码关注下方公粽号，回复推文合集，获取400页单细胞学习资源！ 本文共计1884字，阅读大约需要6分钟，目录如下： Symphony 包基本介绍 Symphony 包安装 Symphony 包使用 1.使用已有的参考数据集进行细胞注释2…

pySCENIC单细胞转录因子分析更新：数据库、软件更新

***pySCENIC全部往期精彩系列：1、PySCENIC（一）：python版单细胞转录组转录因子分析2、PySCENIC（二）：pyscenic单细胞转录组转录因子分析3、PySCENIC（三）：pyscen…

复现NC图表：Krona绘制嵌套饼图

今天的内容基本无代码。我们要复现的是一篇NC文章的嵌套饼图。图是饼图，特点是有多层。对于多层饼图的R语言实现，网上有教程（包括简单的pie、ggplot2以及其他的R包），自行百度。这里我们介绍Krona这个工具，有…

【TOP生物信息】使用SingleR注释细胞类型

扫码关注下方公粽号，回复推文合集，获取400页单细胞学习资源！ 本文共计1887字，阅读大约需要6分钟，目录如下： SingleR基本介绍 SingleR包安装 SingleR包使用 1.使用已有的参考数据集进行细胞定义2.使用自定…

单细胞seurat对象-气泡图dotplot美化-颜色配色-自定义修改

大家好，欢迎来到单细胞图片美化专辑！ 第一期我们分享了如何使用标准流程获取单细胞的seurat对象，也就是pbmc.rds单细胞数据pbmc数据下载，标准处理流程获取seurat对象第二期我们分享了如何美化featureplot单细胞featureplot美化…

Seurat Tutorial 1：标准分析流程，基于 PBMC 3K 数据集

目录 1 设置 Seurat 对象2 标准预处理工作流程 2.1 QC 和选择细胞进行进一步分析3 数据归一化4 识别高变特征（特征选择）5 标准化数据6 执行线性降维7 确定数据集的维度8 细胞聚类9 运行非线性降维 (UMAP/tSNE)10 寻找差异表达特征（cluster b…

Monocle3个性化分析作图：拟时热图/拟时基因GO分析/拟时基因趋势分析

Mnocle3往期精彩内容，因为monocle2有问题，且官网也放弃了monocle2，目前用的比较主流的拟时方法就是monocle3了。Mnocle3我们也写过全面的内容，不论是基础的分析还是个性化分析：Monocle3（1）&…

SeuratData包里pbmc3k数据集下载老失败的解决方案

pbmc3k是单细胞经典数据集，SeuratData包里包含了pbmc3k等各种数据集供下载。但是因为网络原因，在R里直接下载很容易失败。把该数据集用浏览器（用IDM等下载工具更快）下载下来后查看发现是R包的形式存在的，因此可以用手动…

【TOP生物信息】基于Scanpy的单细胞数据质控、聚类、标注

扫码关注下方公粽号，回复推文合集，获取400页单细胞学习资源！ 「写在前面」 Python作为一种高级编程语言，被广泛用于单细胞数据分析，有着以下的优势： 「大量的生物信息学库：」 Python拥有大量的…

【TOP生物信息】使用Seurat包自带的方法进行单细胞类型注释

扫码关注下方公粽号，回复推文合集，获取400页单细胞学习资源！ 本文共计1318字，阅读大约需要4分钟，目录如下： 方法简介演示数据来源代码演示小结代码参考往期单细胞系统教程单细胞自动注释细胞类型的软件和…

“rhdf5filters.so’ not found when install ‘glmGamPoi‘ package

在R中安装glmGamPoi包的时候，出现了如下报错： install.packages(glmGamPoi) 尝试方案一： sudo apt install pkg-config libhdf5-dev安装lighdf5-dev，并将安装路径链接至usr/lib/文件。 locate rhdf5filters.so sudo ln -s /hom…